A história da Biblioteca Pe. Júlio Fragata entrelaça-se com a história recente da Companhia de Jesus em Braga. 

Com a criação, em 1934, do Instituto de Filosofia Beato Miguel de Carvalho, que viria a tornar-se Faculdade Pontifícia e, posteriormente Faculdade de Filosofia (a primeira Faculdade da Universidade Católica Portuguesa), esta Biblioteca começou por integrar as ofertas de vários colégios da Companhia de Jesus.

O acervo bibliográfico foi sendo enriquecido, especialmente a partir de 1945, com o início da publicação da Revista Portuguesa de Filosofia, por meio não só de inúmeras permutas e envios regulares de livros para recensão, mas também por múltiplas ofertas de particulares, e novas aquisições criteriosamente ajustadas às necessidades da comunidade académica.

O seu acervo documental, dotado de considerável variedade de documentos e nos mais diversos tipos de suporte (monografias, publicações periódicas e outros materiais), é formado por dois fundos principais, o Geral e o Reservado. Deste último fazem parte a produção científica de teses, relatórios e dissertações académicas da Faculdade e o fundo de livro antigo, com volumes do século XVI ao início do século XIX. Os exemplares raros, as primeiras edições, as obras autografadas e os livros com edições esgotadas foram também alvo de cuidados de acondicionamento; organizam-se ainda numa secção especial as coleções Migne e Corpus Christianorum.

Mantendo um lugar de destaque no edifício original, a Biblioteca tem vindo a expandir por mais dois pisos a sua área, tendo já ocupado as antigas salas de aula e corredores da antiga Faculdade de Filosofia. Considerada uma das mais valiosas a nível nacional na área de Filosofia, a Biblioteca da Faculdade de Filosofia e Ciências Sociais reúne agora uma vasta coleção de obras de diversas áreas de conhecimento: Filosofia, Literaturas, Linguística, Psicologia, Religião, Teologia, Ciências Sociais, Ciências da Comunicação, Matemática, Ciências Naturais, Ciências Aplicadas, Medicina, Arte, Desporto, Geografia, História, Turismo, Música e Generalidades.

A Biblioteca D. Manuel Vieira de Matos foi estabelecida, dando continuidade à Biblioteca do Seminário Conciliar de Braga, em 1987, aquando da criação do Pólo de Braga da Faculdade de Teologia. A Biblioteca assumiu o nome daquele arcebispo de Braga, uma vez que este, durante o seu ministério episcopal (1914-1932), além das preocupações e atividades pastorais, envolveu-se, tanto na construção de um novo Seminário Conciliar – instalações onde hoje se situa a Biblioteca da Faculdade de Teologia –, como no desenvolvimento formativo e académico, nomeadamente, através da formação de professores para os Seminários, da promoção de congressos, da renovação da música sacra e na criação do Tesouro-Museu da Sé de Braga.

Atualmente, num mesmo espírito empreendedor e académico, a Biblioteca é dotada de um acervo documental com mais de trinta e cinco mil volumes, encontrando-se este dividido em dois fundos: fundo geral e fundo reservado. A diversidade de obras (monografias, publicações periódicas, bases de dados e material não livro) que aqui se encontram resultam de aquisições e de ofertas particulares, as quais permitem a instituição de Memoriais que tanto remetem para grandes nomes que foram marcando a vida e investigação académica ao longo da história da Teologia em Braga, como para a concentração de obras únicas, muitas vezes oferecidas pelos seus próprios autores.